区别在于报销比例不同，报销的条件不同：
1、城镇职工医疗保险的报销比例是80%，根据就诊医院的不同起付线也是不同的，三级甲等医院的起付线要高一些；新农合的报销比例要低一些，也就是65%左右。都有用药的限制，对于进口药特效药是不报销的。
2、城镇职工医疗保险有医保卡，卡里的金额是个人账户的金额，可以用医保卡刷卡买药；而新农合没有个人账户。
3、城镇职工医疗保险有定点医院，在任何一家定点医院报销比例都是相同的；新农合也有定点医院，但是在乡镇级别医院的住院报销比例最高，县级、市级、省级医院的报销比例依次降低。

两者各有利弊。医保报销比率大些，但缴费也多（按月缴纳）。农村合作医疗缴费少（按年缴纳），报销相对少点，主要是在城市医院报销比率低。越高的医院报销越低。主要是针对农村户口。在县级以下医疗单位比较划算 对你的补充问题进行回答。报销比率是按缴纳金额计算的。