合作医疗住院报销比例跟所在医院的等级有关：

1、乡镇医院：对于300元以下部分，按照30%比例报销;对于300-2000元以下部分，按照70%比例报销;对于2000元以上部分，按照50%比例报销。

2、县级医院：对于500元以下部分，按照25%比例报销;对于500-10000元以下的医疗支出，按照65%比例报销;如果医疗支出达到10000元以上的部分，则按照50%的比例报销。

3、二级医院：花费在500元以下的支出部分，按照25%比例报销;花费在500-10000元期间的，按照55%的比例来报销;如果医疗支出在10000元以上，将会按照50%的比例报销。

不同地区合作医疗住院的报销比例也不一样，不过大部分地区都是按照支出的费用高低和所在医院的等级进行划分，报销比例基本都在25%~70%左右。